Único dentro de la longeva franquicia, este juego incluye un sistema de tiempo que abarca tres días, y este ciclo debe reiniciarse periódicamente para avanzar en el juego. Majora's Mask es la secuela directa del primer juego de Zelda en 3D de la serie, Ocarina of Time. Al igual que la entrega anterior, Majora's Mask ha recibido elogios de la crítica, aunque la comunidad de la serie lo señala por tener una temática inusualmente más oscura en comparación con la mayoría de los demás juegos, y la reacción sobre la jugabilidad del sistema de tiempo es mixta. Vendió 3,36 millones de copias en todo el mundo, menos de la mitad de los 7,6 millones de Ocarina of Time , ya que este título se lanzó al final de la vida útil de la N64, junto con el escepticismo mencionado anteriormente.

El juego presenta una historia inusual para un título de Zelda. En lugar de transcurrir en la tierra de Hyrule como la mayoría de los juegos de Zelda, Link tiene su aventura en la tierra de Términa, un mundo paralelo a Hyrule, con muchos personajes físicamente idénticos a los personajes de Ocarina of Time. Una misteriosa máscara conocida como la Máscara de Majora ha sido robada por un ser malicioso conocido como Skull Kid, y la está utilizando para hacer caer la Luna sobre la tierra de Términa para destruirla. Link debe detener la destrucción dentro de tres días. Debido al aire apocalíptico que se avecina, el tema recurrente de la muerte, así como los diseños un poco espeluznantes a lo largo del juego como los rostros de máscaras y jefes, muchos jugadores llaman a este juego el más "oscuro" de la saga de Zelda. Algunos también atribuyen este aspecto oscuro de la prominencia del número 4 (lugares importantes, templos, máscaras, jefes, etc.), ya que la palabra japonesa para cuatro (四shi) es un homófono de la muerte (死shi) en el moderno japonés en la lectura de los números cardinales.